为改善淡水河水质，2008年起广东省人大连续两年把淡水河整治列入重点建议案；同年4月，广东省政府批准实施省环保局《关于加强淡水河流域污染整治工作的意见》，再一次全面启动淡水河整治工作，并提出“一年初见成效，三年有所突破，八年明显改善，远期达标交接”整治目标，即通过实施综合整治，使水质由劣Ⅴ劣类分阶段逐步改善到满足功能要求的Ⅲ类目标。

据统计，近年来随着深圳淡水河流域经济的高速发展，流域人口急剧增长，人口数量由1999年的73万增加到目前的219万生活污水排放量高达65万吨/日；同时，城市建设用地快速扩张，建设用地面积已超过土地总面积的50%，导致流域生态破坏严重，水源涵养能力低；此外，流域内电镀、线路板等重污染、劳动密集型企业众多，工业废水排放量大。而流域内龙岗河、坪山河枯水期的天然径流量不足1.11立方米/秒和0.56立方米/秒，流域总体污径比高达4倍以上，水环境受纳能力不堪重负。

淡水河水质的急剧恶化导致了流域水环境功能的变化，给下游地区带来了严重影响。据悉。1998年之前，淡水河还是下游惠州市惠阳区、惠城区的主要饮用水源和水上交通、运输要道，此后便成为排洪纳污沟。惠州市境内原有6家自来水厂因水质污染不得不先后报废。治污速度赶不上污染步伐，重污染企业增加数量远甚于关闭数量，淡水河水质不断恶化，目前流域整体水质总体为劣Ⅴ类。

淡水河污染引起了广东各方面的重视，深圳、惠州两地政府开始了淡水河整治工作。1996年8月，省环保局下发了《关于做好淡水河流整治工作的通知》，对淡水河流域的污染源整治作出部署。2000年1月，经广东省人民政府同意，省环保局又印发了《淡水河污染整治计划》，制定了各项整治措施，并提出到2005年两市交界断面水质达到国家地表水环境质量标准Ⅲ类的整治目标。

整治一年初见成效。根据省市环保部门的监测数据，尽管深圳龙岗河、坪山河流域的总体水质依然属于劣Ⅴ类，但2008年的水质较2007年已有明显改善。与2007年同期相比，2008年龙岗河的水质明显好转，全河段水质的综合污染指数下降了39.74%，交接断面西湖村的综合污染指数下降了36.4%；坪山河的水质变化相对稳定，全河段水质的综合污染指数下降7.6%，交接断面上洋的综合污染指数下降10.5%。惠州市境内淡水河与西枝江汇合处的紫溪断面水质也有较大改善。目前，深圳龙岗河、坪山河的水质除氮、磷超标外，化学需氧量、重金属等指标已基本达到了Ⅴ类水平。淡水河整治基本实际“一年初见成效”的确定目标——2008年底，淡水河水质未新增超标污染因子，综合污染指数有所下降。今年6月25日，林木声副省长在淡水河整治工作现场检查时，对此充分肯定，认为是“了不起的阶段性的变化”。

流域合作治污新机制。今年5月，随着《深圳市东莞市惠州市界河及跨界河综合治理计划》的签署，淡水河流域合作治污新机制进一步加强。该计划确立了合作治污的主要原则：坚持预防为主、综合治理的原则，统一界河及跨界河流域的环保标准，实施最严格的环保审批，创新流域管理机制；坚持系统治理、共治共管的原则，各市在统一规划和目标的前提下，统一工作进度，上下游、左右岸同步开展综合治理工作，实际标准对接、责任对接和优质互补，发挥综合治理效益；坚持区域统筹、分工负责的原则，各市按照各自的任务分工，落实责任，强力推进，按期达标。该计划还确立了合作治污的工作机制，如定期会商制度，在专责小组的协调下，各市相关部门每季度召开一次碰头会，研究解决工程进展中遇到的具体困难和问题，分别向本市政府提出意见和建议；建立部门联动机制，严把污染项目审批关，防止重污染工业项目、畜禽养殖场在流域内的无序转移；联合督查机制，加强各市之间的相互督查，定期考评进展情况，确保各市按期完成治理任务。